В ЦК більшовиків Богданов вважався другою людиною в партії після Леніна. Богданов керував роботою більшовицьких організацій при фракціях Першої і Другої Державної думи.
В тюрмі на початку 1906 року Богданов закінчує свою філософську роботу «Емпіріомонізм. Статті з філософії»: сучасність – це час критики, який почався із епохи Відродження; суть критики у великому русі звільнення людського духу від фетишів і догматичного мислення, - писав Богданов.
Прочитавши цю роботу, Ленін написав Богданову «освідчення у любові» у розмірі трьох зошитів під назвою «Замітки рядового марксиста про філософію».
У липні 1909 року Богданов звинувачує Леніна і редакцію газети «Пролетарій» у зраді: «Скажіть, накінець, прямо, що таке ваш марксизм, наука чи релігія. Якщо марксизм істина, яка неспроможна дати покоління нових істин, то він – брехня».
У 1914 році Богданов відправляється на фронт військовим лікарем: «Світова війна поставила перед нами жорстокий вибір: або ми перемагаємо анархію суспільних сил і інтересів, або ми спостерігаємо крах цивілізації».
У листопаді 1917 року Богданов писав: «Ясно, що той, хто вважає солдатське повстання початком реалізації соціалізму, той із робітничим соціалізмом порвав, той іде шляхом споживацького комунізму, приймаючи карикатуру занепаду за ідеал життя і краси. Цю здачу соціалізму солдатчині виконує грубий шахматист Ленін, самозакоханий актор Троцький. Я ж залишуся при іншому ділі, наскільки б не втомлювала мене самотність зрячого серед сліпих».
У вересні 1923 року Богданова арештувало ОДПУ: «Мій арешт був результатом більше ніж трирічного літературно-політичного цькування, при якому я залишався із затиснутим ротом».
Він помер 7 квітня 1928 року. Професор Малиновський, син Богданова, вважав, що його батька отруїли.
«Так, з нашої точки зору, він був єретиком», - сказав Бухарін на поминках.